Amber分子动力学模拟技术与应用（第十二期）

课程1 一.分子动力学入门理论 教学目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。 3分子动力学 3.1分子动力学流程 3.2AMBER中的分子动力学模拟

课程2 二.LINUX入门 教学目标：掌握数值计算平台，熟悉计算机语言 LINUX 简介 5.1用户属组及权限 5.2目录文件属性 5.3LINUX基础命令 5.4LINUX环境变量 shell常用命令练习

课程3 三.AMBER简介及安装 教学目标：了解Amber软件历史发展，熟悉安装环境，支撑环境编译。 6AMBER简介和安装 6.1GCC简介及安装 6.2Open MPI简介及安装 AMBER安装运行

课程4 四.研究对象模型构建 教学目标：如何确立研究对象，如何对研究对象建模，熟悉模型预处理流程,掌握输入文件的编写。 7模型文件的预处理 7.1模型来源简介 7.2蛋白文件简介 7.3蛋白预处理 7.4小分子预处理 7.5AMBER力场简介 7.7top、crd文件的生成 7.8tleap模块的使用 案例实践：HIV-1复合物的预处理

课程5 五.分子动力学模拟 教学目标：分子动力学流程，AMBER动力学原则。 8能量优化、分子动力学模拟 8.1能量优化意义以及方法 8.2模拟温度调节意义及方法 8.3溶剂模型分类及选择 8.4动力学模拟输入文件的编写 8.5运行分子动力学模拟 案例实践：HIV-1复合体系能量优化、分子动力学模拟

课程6 六.结合自由能计算 教学目标：熟悉结合自由能计算的意义、MM/PBSA方法及流程。 9焓变计算 9.1实验数据分析及检索 9.2MM/PBSA方法回顾 9.3PB模型原理讲解 9.4GB模型讲解及分类 9.5焓变输入文件的编写

课程7 六.结合自由能计算 10熵变计算 10.1Nmode计算熵变原理 10.2熵变输入文件的编写 10.3焓变结果解读 10.4实验值与理论值对照分析

课程8 七.可视化软件 教学目标：采用可视化软件辅助科研工作 113D可视化分析 11.1VMD安装和使用 11.2Discovery Studio安装使用 Pymol 安装和使用

课程9 八.基于分子动力学的轨迹特征获取 12构象分析 12.1RMSD分析 12.2B-Factory 分析 12.3 RMSF分析 12.4RG分析 12.5二级结构分析 12.7距离角度测量

课程10 九.基于能量的相互作用机理分析 教学目标：从能量角度分析分子间、残基间、重要基团间相互作用机理，对实验提供理论指导 13能量分析 13.1残基分解（相互作用分析） 13.2丙氨酸扫描（寻找热点残基） 13.3氢键网络（其它相互作用）

课程11 十.经典工作复现 教学目标：引导初学者了解本方向中经典工作，复现工作中重要分析手段，加深对本方向的理解。 14经典文献工作复现 Nucleic Acids Res., 47(13): 26 Pages 6618–6631.DOI: 10.1093/nar/gkz499 1)MM/GBSA结合自由能计算 2)相关性分析 3)相互作用能的提取与讨论 4)氢键网络分析 5)RMSF分析热点残基和活跃结构域

课程12 Acta Pharmacol Sin (2020). DOI: 10.1038/s41401-020-00541-z 1)分子对接技术 2)MD模拟运动学 3)NAMs与mGlu1和mGlu5结合的初始结合构象 4)mGlu1-NAM配合物的相互作用及结合自由能分析 5)NAM绑定mGlu1中的“热点”和“热点”残基分析 6)mGlu5-NAM配合物的相互作用及结合自由能分析 8)分子动力学模拟真实性检测 9)mGlu1和mGlu5对NAMs的选择 10)mGlu1和mGlu5中非保守残基的不同性质决定了NAMs的结合模式